Dans cette adaptation de la bande dessinée Marvel la plus populaire des années 90, les X-Men
habitent sur une autre Terre où des enfants inhabituels sont nés avec des codes génétiques
modifiés. Ce « facteur-X » permet aux enfants d'accomplir des exploits extraordinaires, comme
le vol, la vision télékinésique et la capacité d'émettre des rayons laser de leur yeux.
Malheureusement, les humains craignent et insultes les mutants.
Le professeur Charles Xavier (Stewart) rassemble des mutants pour aider à réaliser son rêve,
« un monde où la population minoritaire des mutants et la population majoritaire des humains
puissent vivre ensemble en harmonie », où les mutants ne sont pas jugés par les pouvoirs
extraordinaires qu'ils possèdent, mais par leur personnalité. Il nomme cette équipe ‹ composée
de Storm, Cyclops, Jean Grey, Wolverine et Rogue ‹ les X-Men.
Par contre, un vieil ami de Charles, appelé Eric Magnus (McKellen), ne partage pas le rêve
du professeur. Magnus, alias Magneto, croit que la seule façon d'obtenir la paix est de
conquérir l'espèce humaine. Avec son équipe de mutants méchants ‹ Mystique, Sabertooth et
Toad ‹ il a la ferme intention d'exécuter son plan.
À l'approche de cette menace, le seul espoir permettant de réaliser le rêve de Xavier est
d'empêcher Magneto de passer à l'action.